血圧を安定させる、血糖値上昇を緩やかにするなど、身体の機能や活動に影響を及ぼす保健機能をもつ成分が含まれ、かつ、そうした特別用途表示をすることが健康増進法に基づき許可された食品。
1991年（平成3）に制度化された。「トクホ」などと略称され、栄養成分を補うことを目的とする「栄養機能食品」とともに、「保健機能食品」に分類される。
これらは、適切に摂取すれば健康の維持増進などに寄与すると考えられる食品とされている。
こうした保健用途を表示して販売するためには、特定の保健機能の有効性や安全性の科学的根拠が明らかにされ、適切な摂取量が設定されていることなどが条件となる。
また、栄養成分の含有表示と消費者への注意喚起も義務づけられており、食品衛生法上の規定もある。
さらに、特定保健用食品は個別の食品ごとに国の審査を受けなければならない。
2005年（平成17）からは規制が緩和され、特定保健用食品の審査で要求されるレベルの有効性について、科学的根拠を示せないものの、一定の有効性が確認される食品に対しては「条件付き特定保健用食品」と表示して販売することが許可された。
この場合、特定の保健機能をもつ「成分」を含んでおり、根拠はかならずしも確立されていないが、特定の「保健機能」に適している可能性がある、などと表示することが条件となっている。
特定保健用食品を含む保健機能食品制度に関連する業務は2009年より厚生労働省から消費者庁へ移管されており、許可された食品にはそれぞれ消費者庁の許可マークが付けられる。
1993年のアトピー性皮膚炎患者用の低アレルゲン米（資生堂）と慢性腎不全患者用にリンを低減した粉ミルク（森永乳業）の許可に始まり、2015年2月時点でおよそ1140品目が「特定保健用食品」の表示を許可されている。
